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《分子植物育种》印刷版, 2018 年, 第 16 卷, 第 3 篇
收稿日期: 2017年12月25日 接受日期: 2018年01月23日 发表日期: 2018年08月16日
Xiong H.Y., Duan R.J., Wang R.S., and Meng Q.Z., 2017, Transcriptome analysis of seed development of Brassica napus in
later filling stage, Fenzi Zhiwu Yuzhong (Molecular Plant Breeding), 16(15): 4829-4838 (熊辉岩, 段瑞君, 王瑞生, 孟庆志, 2017, 甘蓝型油菜种子发育灌浆后期的转录组分析, 分子植物育种, 16(15): 4829-4838)
油菜种子发育是产量和品质形成的关键发育阶段,包含了复杂的发育过程和调控网络,有效地解析种子发育的转录调控机制具有重要的意义。以甘蓝型春油菜品种青杂 5 号为研究材料,利用 RNA-seq 技术对种子发育的后期(30-DAF, 40-DAF) 2 个发育时间进行转录组测序,筛选差异基因,并利用 GO 数据库和 KEGG数据库注释差异基因功能和可能参与的调控途径。结果表明,从油菜种子灌浆后期的 2 个时间点的转录组中分别检测到 70 850 和 65 193 个表达基因,筛选得到 2 654 个差异表达基因,其中 1 941 个基因下调表达,713 个基因上调表达,29 个基因表达差异倍数 |log2 Ratio|逸10。GO 基因功能分析显示,生物学途径中富集最显著的条目是染色质组装相关的等生物学过程,分子功能方面富集最显著的条目依次是蛋白质代谢、营养库活性等功能类别,而在细胞组件方面富集最显著的条目是染色体相关的等细胞组件。Pathway 显著性富集分析显示注释基因最多的途径是次生代谢途径,其次是淀粉、蔗糖代谢途径、苯丙素生物合成途径中的、碳代谢途径和氨基酸生物合成途径。甘蓝型油菜种子发育后期的转录组分析表明,种子发育 30-DAF 时期次生代谢物、脂质代谢等表达活跃,40-DAF 时期逐渐转变为蛋白质、氨基酸生物合成、光合碳代谢、碳代谢等表达活跃,提示油菜种子灌浆后期仍处于复杂的物质与能量代谢调控过程。